日本陆地面积是377962平方千米。日本位于亚欧大陆东部、太平洋西北部，包括北海道、本州、四国、九州四个大岛和其它6800多个小岛屿，因此也被称为“千岛之国”。

日本境内河流流程短水能资源丰富，最长的信浓川长约367公里；最大的湖泊是琵琶湖，面积672.8平方千米。

日本海岸线全长33889公里。由于日本是一个岛国，因此其海岸线十分复杂。西部日本海一侧多悬崖峭壁，港口稀少，东部太平洋一侧多入海口，形成许多天然良港。

日本自然资源贫乏，除煤炭、天然气、硫磺等极少量矿产资源外，其他工业生产所需的主要原料、燃料等都要从海外进口。但是，日本森林和渔业资源丰富，森林覆盖率占日本陆地面积的69%，是世界上森林覆盖率最高的国家之一。北海道和日本海是世界著名的大渔场，盛产700多种鱼类。

日本的植物种类繁多。在日本本土生长着约5560种植物（4720种被子植物，40种裸子植物，800种蕨类植物）。约有1950种被子植物和裸子植物为日本本土原生植物，约占日本所有被子植物和裸子植物的35%。约有1600种被子植物和高裸子植物为日本当地的原生植物。截止到2011年11月，共有超过6万种生物在日本生息。

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